Son derece güvenli yapılan ve yan etkilerin en az görüldüğü işlemlerden birisi olmakla birlikte, görülen yan etkilerin nedenleri şunlardır:

- Uygulama öncesi ve sonrası hasta prosedürlerinin yapılmaması

- Güneşten korunulmaması

- Hastanın kötü doku iyileşmesi yapısının olması ve bunun uygulama öncesi iyi değerlendirilmemesi

- Doktor hasta değerlendirmesi, kimyasal peeling yöntem seçiminin hatalı yapılması

- Yanlış peeling ajanlarının uygulama alanları dışında kullanılması vb.

Kimyasal peeling sonrası istenmeyen yan etkiler:

• Ödem: Tüm peelingler sonrasında özellikle göz ve ağız çevresinde hafiften şiddetliye ödem gelişebilmektedir. Bu, ilk 24-72 saatte ortaya çıkmakta, sonra kendiliğinden kaybolmaktadır.
• Ağrı: Uygulama sonrası ilk 24 saat içerisinde yüzeysel peelinglerde hafif, derin peelinglerde bazen şiddetli ağrı olabilmektedir. Anestezik kremler ve ağrı kesiciler ile bu kontrol altına alınmaktadır.
• Eritem (kızarıklık): Tüm peelingler sonrasında kızarıklık olmakta, bunun şiddeti ve süresi peeling derinliğine bağlı olarak değişmektedir. 2-8 hafta arasında tamamen geçmektedir.
• Akne: Peeling uygulaması ve sonrasında kullanılan yoğun nemlendiriciler sivilce benzeri döküntüler yapabilmektedir; ancak bunlar kendiliğinden geçmektedir. Bazen tedavi gerekebilmektedir.
• Enfeksiyon: Peelingde kullanılan asitlerin özelliği nedeniyle işlem steril olmaktadır; ancak uygulama sonrası cilt bakımında kullanılan yoğun kremler ve pomatlar enfeksiyon gelişimini artırabilmektedir. Antibiyotik kullanımı gerekebilmektedir.
• Herpes (uçuk): Klasik görünen uçuktan farklı olarak su toplamaları değil, direkt yaralar ile başlamaktadır. Mutlaka ilaç kullanılmalıdır.
• Renk değişiklikleri: Uygulama sonrası koyuluk ya da deri tonunda açılma alanları ortaya çıkabilmektedir.
• Milia: Uygulamadan 2-3 hafta sonra gelişmekte, özellikle derinin onarılması ile ortaya çıkmaktadır. Uygulama sonrası kullanılan pomatlarda milia gelişimini artırmaktadır. Oluşumunda tedavi ile tamamen kaybolmaktadır.
• Demarkasyon hattı: (Peeling yapılan alan ile yapılmayan alan arasında keskin bir sınır oluşmasıdır.) Özellikle derin peelinglerde gözlenmektedir.
• Skar (kötü yara iyileşmesi): İstenmeyen en ciddi yan etkidir.
• Kimyasal maddenin içeriğine bağlı yan etkiler de gelişebilmektedir. Örneğin, salisilik asit peelingleri sonrası kulak çınlaması, baş ağrısı ve baş dönmesi gelişebilmektedir.