Özellikle ceninin ilk aşaması olan embriyondan elde edilen (embriyolojik) kök hücreler ile yapılan çalışmalarda yeni tümör ortaya çıkabildiği bildirilmiştir. Araştırmalarda kullanılan serum, kimyasal madde ve besi yerleri varlığında üretilen hücrelerin insan sağlığı için ne gibi potansiyel riskler taşıdığı bilinmemektedir. Otolog kök hücre nakillerinde %2, allojenik kök hücre nakillerinde ise %9 ölüm riski vardır.