Masseter kasına botoks enjeksiyonları, hem klinik hem de estetik uygulamalar için yaygın olarak güvenli ve etkili olarak kabul edilmektedir. Tüm çalışmalar uygulamanın güvenli bir enjeksiyon alanına yapıldığı sürece  çok az veya hiç yan etki gelişmediği bildirilmiştir. Güvenli enjeksiyon alanı genellikle alt mandibular sınır, ön ve arka masseter kaslarının kenarları ve üst sınır olarak zigomatik ark ile sınırlandırılmıştır. Aşağıdaki temsili resimde sarı ile taralı olan alan botoks enjeksiyonları için diğer anatomik yapılardan izole güvenli alandır. Enjeksiyonlar bu alanda kas içerisine yapılmalıdır. 

 

Masseter kasına botoks enjeksiyonları ile ilişkili çeşitli yan etkiler (öngörülebilir, genellikle hafif) bildirilmiştir. Büyük olasılıkla toksinin dozuna, aşırı infiltrasyonuna veya toksinin yanlış noktalar enjeksiyonundan kaynaklanır. Bunlar çoğunlukla hafif, geçicidir ve 1-2 ay içinde kendiliğinden kaybolmaktadır. 

En sık görülen yan etkiler, enjeksiyon bölgelerinde hafif ağrı veya geçici kas zayıflığıdır. Bu durumlar, çiğneme gücünde azalmaya ve ağız açmada zorluğa gibi istenmeyen fonksiyonel sınırlamalara yol açabilmektedir. Bunların dışında, estetik olarak gülümsemenin asimetrisi, morarma, konuşma bozuklukları, ilk 24 saatte sersemlik ve baş ağrısı gibi etkiler de görülebilir. Uygulamadan sonra, temporomandibular eklemin anormal aktivitesi, normal olmayan çiğneme, bazı hastalarda kas üzerinde olmayan bant oluşumu, elmacık kemiğinin arkasında artış, gamze kaybı, tek taraflı gülme ve doğal olmayan gülme gibi yan etkiler gelişebilir; bu yan etkiler 2-4 haftada kaybolmaktadır. Tedaviden sonra, masseter kasının boyutundaki hızlı azalma nedeniyle çene bölgesindeki cilt ve yumuşak dokuda sarkma, hastaların %0,2 ila %2,3'ünde meydana gelebilir. Bu durum, özellikle yaşlı hastalarda veya daha ince deriye sahip olanlarda yaygındır. Bu yan etkileri hafifletmek için tedavi stratejileri arasında daha düşük botoks dozları ve aralıklı seanslar ile sarkmayı önlemek için depresör kaslara tamamlayıcı enjeksiyonlar önerilmektedir.

Masseter kasına botoks uygulaması sırasında toksinin tüm kas katmanlarına uygulanması gerekmektedir. Bazı uygulamalarda yüzeysel masseter kasına uygulama yapılmadığında, masseter kası volüm olarak azalırken bu kasın hipertrofisi ile anormal bir görüntü ortaya çıkabilmektedir (bulging). Bu problemler, yüzeysel kasa botoks uygulaması ile hızla düzeltilebilmektedir.