Botulinum tokisini esteteik uygulamlar dışında çok geniş bir uygulama yelpazesine sahiptir. 

• Kronik Migren: Ayda 15 gün veya daha fazla migren atakları yaşayan ve günde 4 saatten uzun süren baş ağrıları çeken yetişkin hastalarda, baş ağrılarının önlenmesi amacıyla botulinum toksini kullanımı önerilmektedir. S
• Boyunda servikal Distoni: Botulinum toksini, servikal distoni nedeniyle ortaya çıkan anormal baş pozisyonu ve boyun ağrısının şiddetini azaltma özelliği nedeniyle, bu durumdaki yetişkinlerin tedavisinde kullanılmaktadır.
• Blefarospazm ve Şaşılık: Distoni kaynaklı şaşılık ve blefarospazm tedavisi için 12 yaş ve üzerindeki hastalara botulinum toksini önerilmektedir. Bu, iyi huylu esansiyel blefarospazm ve VII sinir bozukluklarını da kapsamaktadır.
• Primer Aksiller Hiperhidroz: Botulinum toksini, topikal tedavilere yeterli yanıt vermeyen şiddetli koltuk altı primer aksiller hiperhidrozun tedavisinde kullanılmaktadır. Bazı kişilerde genel yada bölgesel(el ayak ve koltuk altı gibi) aşırı terlemeler olmaktadır. Aşırı terleme kişinin bireysel performansını ve sosyal ilişkilerini olumsuz yönde etkilemektedir. Botox uygulandığında terlemeyi sağlayan ter bezlerini geçici olarak çalışmalarını engelleyerek terlemeyi durdurmaktadır. Bu etkisi ile el içi ayak tabanı koltuk altı aşırı terlemelerinde kullanılabilmektedir. Uygulamadan 3-7 gün içerisinde etkisi başlamakta ve 6 ay sürmektedir.
• Yetişkinlerde Mesane Disfonksiyonu: Antikolinerjik ilaçlara yeterli yanıt vermeyen veya bu ilaçları tolere edemeyen yetişkinlerde, botulinum toksini, aşırı aktif mesane nedeniyle ortaya çıkan sıkışma hissi, sık idrara çıkma ve sıkışma tipi idrar kaçırma semptomlarının tedavisinde kullanılmaktadır. Ayrıca, MS veya SCI gibi nörolojik durumlarla ilişkili detrusor aşırı aktivitesi nedeniyle bu yetişkinlerde idrar kaçırma tedavisinde de önerilmektedir.
• Spastisite: 2 yaş ve üzerindeki hastalarda spastisitenin tedavisinde botulinum toksini önerilmektedir.
• Saç Dökülmesi: Botoks uygulama alanında kan damarlarının genişlemesini sağlamakta buda özellikle erkek ve kadınlarda gözlenen erkeksi tipte saç dökülmelerinde kullanım alanı bulmakta. Saç ekim öncesi ya da sonrasında tek başına ya da mezotedaviler, PRP ve dermaroller gibi işlemlerle kombine kullanılabilmektedir.
• Kas Felçleri ve Aşırı Kasılmalar: Kas felçleri, geri dönüşü olmayan yüz felçleri gibi durumlarda yüz simetrisini bozabilir. Bu tür durumlarda, felçli olmayan kaslara botoks uygulamak asimetrinin düzeltilmesine yardımcı olmaktadır.
• Diş Gıcırdatma ya da Gece Dişlerin Aşırı Sıkılması: Masseter kası gibi çene kaslarının kasılı kalması ile gelişebilmektedir. Bu hastalarda botoks kullanılabilmektedir. Çene köşesindeki çiğneme kası, bazı hastalarda oldukça gelişmiş olabilir. Bu durum, kulak ön kısmının belirginleşmesine ve çene köşesinin köşeli bir görünüm almasına yol açar. Bu hastalarda, çiğneme kasına botoks uygulandığında, çene köşesindeki bu belirginlik yumuşatılabilir. Ancak, bu uygulama sonrasında doğal olmayan ve asimetrik bir gülümseme, en istenmeyen komplikasyonlardan biri olarak ortaya çıkabilir. Genellikle, bu durum botoksun masseter kasını örten rizorius kasına yayılmasından kaynaklanır. Bu riski azaltmak için, uygulama öncesinde hastalar dikkatlice değerlendirilir. Hastalarda bu riski belirlemek için basit bir test uygulanabilir: Eğer hasta gülerken kulakları hareket ediyor ve ağız köşeleri dışa doğru yayılıyorsa, bu durum güçlü bir rizorius kasına sahip olabileceğini ve dolayısıyla riskin yüksek olabileceğini gösterir. Bir diğer istenmeyen yan etki ise yanaklarda çöküklüktür. Bu durum, sıska, yaşlı ve yorgun bir görünüm yaratabilir. Yanaklardaki çöküklük daha önceden mevcut olabilir, ancak güçlü masseter kası bu durumu gizlemiş olabilir. Bu nedenle, hastaların uygulama öncesinde dikkatlice değerlendirilmesi önemlidir.

• Tikler: İstemsiz kas kasılmaları tiklere neden olmaktadır. Botoks bu kaslara uygulanarak tikleri ortadan kaldırmaktadır.
• Bacak ve Kollarda Kasların İnceltilmesi: Bacakları kısa ve bacak alt kısmı çok kaslı ve kalın olan hastalarda bu estetik problem için bacak alt kaslarına botoks uygulamaları yapılabilmektedir. 

• Ameliyat ve Dikiş Yerlerinin İzsiz İyileşmesi: Kas hareketlerinin yoğun olduğu bölgelerde botoks uygulaması ile bu kasların zayıflatılması veya geçici olarak hareketsiz bırakılması, yaraların daha hızlı ve iz bırakmadan iyileşmesine yardımcı olduğu gözlemlenmiştir. Kötü yara iyileşmesinde, ameliyat sırasında kesi alanı veya yara bölgesine yapılan botoks toksin enjeksiyonunun neden olduğu immobilizasyonun, gerginlik ve hareketin azalmasına yol açtığı düşünülmektedir. Gerginlikteki bu azalma, yara iyileşmesinin inflamatuar fazını kısaltarak iyileşmeyi hızlandırmaktadır.

Soldaki resimde, hastaya ameliyat öncesinde dikiş alanına frontal kasa botoks uygulanmıştır. Sağdaki resim ise yara iyileşmesinin 4 ay sonrasını ve minimal izleri göstermektedir.

• Burun Estetiği: Burun mimik hareketlerinde rol oynayan kaslar, burnun ucunu ve burun deliklerini etkiler. Özellikle Levator labii alaeque nasi kası ve depresor septi kası, gülme gibi mimiklerde burnun ucunu aşağı çekmektedir. Bu kaslara uygulanacak botoks, burun ucunun yukarı kalkmasına yardımcı olur.

• Göz Çevresi Özel Uygulamaları: Göz çevresindeki orbicularis kasının aşırı kasılması, üst ve alt göz kapaklarında istenmeyen estetik sorunlara yol açmaktadır. Örneğin, alt göz kapağındaki orbicularis kasının kasılması, gözlerin görünümünü azaltabilir. Bu durumda, midpupillar hatta alt göz kapaklarına botoks uygulanabilir. Ayrıca, bazen üst göz kapaklarındaki orbicularis kasının kasılması da gözlerin görünürlüğünü etkileyebilir. Bu hastalarda da üst göz kapaklarına botoks tedavisi yapılabilmektedir.

• Gülmenin Dizaynı: Dişeti gülüşü, gülme esnasında üst dişlerin ve üst diş etlerinin görünmesi durumudur. Bu durum, estetik açıdan hoş olmayan bir görüntüye yol açabilir. Bu sorunu düzeltmek için, üst dudak ile burun köşeleri arasında yer alan dudak apikal üçgene botoks uygulanmaktadır. Ancak, bu teknik dikkatli bir şekilde uygulanmadığında, üst dudak ortasında sarkma ve ağız çevresindeki kasların işlevinde sorunlar meydana gelebilir.