Fotodinamik tedavilerin(FDT) beklenen ve beklenmeyen yan etkileri, kullanılan fotosensitizan madde ve ışık kaynağına bağlı olarak değişiklik göstermektedir. Bu nedenle, yan etki süreleri de fotosensitizan maddeye göre farklılık göstermektedir. Örneğin, BPD için yan etki süresi 2-6 gün iken, sistemik ALA kullanımında bu süre 24 saatten daha kısa olabilir.

Yan etkilerin azaltılmasında, kimyasal güneş koruyucular yeterli koruma sağlamazken, fiziksel güneş koruyucular belirli bir düzeyde koruma sunabilir. Ancak en etkili yöntem, tüm vücut yüzeyini siyah, sıkı dokunmuş bir giysiyle örtmektir. Aksi takdirde, ödem, eritem ve bazen bül oluşumuyla karakterize olan şiddetli fototoksik reaksiyonlar gelişebilir.

FDT sırasında tedavi alanında ağrı, batma, yanma ve kaşıntı hissedilebilir. Bu rahatsızlıklar, uygulamanın ilk birkaç dakikasında ortaya çıkabilir ve birkaç saat sürebilir. Tedavi alanında eritem ve hafif ödem yaygın yan etkiler arasındadır. Aşırı dozda ışık tedavisi, bül oluşumu, ülserasyon ve nekroz gibi ciddi reaksiyonlara yol açabilir. Ayrıca, tedavi bölgesinde hipo-hiperpigmentasyon veya skar gibi yan etkiler de görülebilir. Bu yan etkiler, deri tümör tedavilerinde gerekli olsa da, sedef gibi hastalıklarda istenmeyen sonuçlar doğurabilir.

Sistemik FDT uygulamalarında, tüm vücutta ışık duyarlılığı ve fotofobi görülebilir. Bu durum, kullanılan fotosensitizan maddeye bağlı olarak değişiklik gösterebilir; örneğin, porfimer sodyum için bu süre 2-3 ay kadar uzun olabilir. Bu reaksiyon, koyu tenli bireylerde kalıcı bir bronzluk oluşturabilir. Güneş ışığının yanı sıra, parlak spot ışıkları, fotokopi makineleri, fotoğraf flaşları, solaryum gibi yapay ultraviyole kaynaklarından da korunmak gerekmektedir.

Sistemik fotosensitizan madde uygulandıktan sonra gözlerin korunması son derece önemlidir; bu durum, derideki şikayetlerden daha kısa sürmektedir. Fototoksik reaksiyonlar genellikle 4-72 saat sonra hafif bir deri dökülmesi ile sonuçlanır. Lokal uygulanan fotosensitizan maddeler, genel vücutta reaksiyona neden olamaz ve lokal alanda bile fotosensitivite oldukça nadirdir. Fotodinamik tedavi, lupus gibi fotosensitizan hastalıkları aktive edebilir.

Ağrı, FDT'nin sık görülen yan etkilerinden biridir ve hafif bir yanmadan şiddetli bir ağrıya kadar değişiklik gösterebilir. Ağrının şiddeti, hastaya, lezyonun büyüklüğüne ve anatomik konumuna bağlıdır. Yerel fotosensitizan maddenin geniş alanlara uygulanması, şiddetli ağrıya yol açabilir. Işınlama sırasında hissedilen rahatsızlık, hava soğutma sistemleri, buz jelleri, analjezikler ve intradermal anestetik enjeksiyonları ile azaltılabilir.

Sistemik FDT sırasında veya sonrasında bildirilen diğer yan etkiler arasında bulantı, kusma, baş ağrısı ve grip benzeri semptomlar yer almaktadır. Karaciğer toksisitesi HPD ile görülebilirken, ALA'nın aşırı oral dozları karaciğer enzimlerinde ve bilirubin seviyelerinde geçici bir artışa neden olabilir. ALA'nın oral uygulanmasından sonra kalıcı karaciğer hasarına dair herhangi bir kanıt bulunmamaktadır. Sistemik ALA-FDT uygulanan porfirik hastalarda ALA, kan-beyin bariyerini geçebilir ve akut intermittan porfirinin nörolojik semptomlarına yol açabilir.

Işığın uygulanmasından hemen sonra ödem gelişebilir ve bu durum birkaç gün sürebilir; eğer tedavi alanı yüz bölgesindeyse daha uzun sürebilir. Gerekirse, şiddetli ödem sistemik kortikosteroid uygulanmasıyla daha hızlı gerileyebilir. Yerel FDT'de kabuklanma ve nadiren su toplaması görülebilir. Kabuklanma durumunda nekroz, ülser ve skar gelişimi söz konusu olabilir. Ülserler, yaranın derinliğine ve bakımına bağlı olarak 2-8 hafta içinde iyileşir. Yerel veya sistemik FDT sonrası kaşıntı yaygın bir şikayettir. Postinflamatuar hiperpigmentasyon, özellikle koyu tenlilerde sıkça görülmektedir. Ülser gelişirse, genellikle hipopigmentasyon ve bir miktar skar ile iyileşir. Kalıcı alopesi, tedavi alanlarında gelişebilir.

Alerjik kontakt dermatit ise oldukça nadirdir.

FDT'nin mutajenik potansiyeli ve kanser geliştirme riski üzerine yapılan araştırmalar, görünür ışığın deri kanseri riskini artırmadığını göstermektedir. Ancak FDT'nin genler üzerindeki etkileri dikkat çekmektedir. FDT'nin DNA'ya doğrudan zarar vermediği, dolayısıyla mutajenik olmadığı bilinmektedir; ancak bağışıklık sistemini baskılayarak kanser gelişimine katkıda bulunabileceği düşünülmektedir. Özetle, FDT'nin doğrudan tümör başlatıcı olmadığı, ancak klinik olarak gözlemlenmeyen, mevcut malign melanositik hücreleri uyararak hızlı tümör oluşumuna neden olabileceği sonucuna varılmıştır. Özellikle kronik güneş hasarı olan bölgelerde yerel ALA-FDT uygulamaları yapıldığında düzenli klinik takip önerilmektedir.