Neredeyse 2 m²'lik yüzey alanı ile derimiz mikroorganizmalar için en uygun yerleşme ve habitat alanı. Bakteriler, mantarlar, virüsler ve parazitler vücudun farklı alanlarında ve deride farklı derinliklerde yerleşmekte. Hatta bu mikroorganizmaların kıl ve bezlerin kanalları boyunca derinin daha derinlerine kadar inebildikleri bilinmektedir. Örneğin, fungal Malassezia spp. and mitelardan Demodex folliculorum and Demodex brevis gibi.

Deri yüzeyindeki mikroorganizmalar vücudun anatomik alanına ve kişiye göre değişmekle birlikte yoğunlukları cm² de 107 kadar çıkabilmektedir. Mikroorganizmaların bazılarını geçici konakçı bazıları ise kalıcıdır. Kalıcı olan grup; fizyolojik deri dökülmesi, antimikrobiyal konak savunması, sabun ve deterjanlar ile yıkama, UV ışınlarına maruz kalma ve düşük nem koşullarından dahi etkilenmemektedir. Deri yüzeyindeki bakteriler 4 grup oluşturmakta: Actinobacteria, Firmicutes, Proteobacteria, ve Bacteroidetes. Aşağıdaki resimde bu bakterilerin vücutta dağılım alanları görülmektedir.  

Bunların içerisinde de; Staphylococcus, Micrococcus, Corynebacterium, Brevibacteria, Propionibacteria ve Acinetobacter en sık görülenlerdir. Propionibacterium, Staphylococcus ve Corynebacterium örneklerinden bahsetmekle birlikte bunlar normal deri florasının % 1 inden azını oluşturmaktadır. Sebase gland çevresiden Malassezia spp. ve Candida gibi fungal etkenler kolonize olmakta. Deri yüzeyinde pH düşmeye başladığında koagülaz negatif “staphylococci ve corynebacteria” çoğalmaya başlar ve bunlar S. aureus ve S. pyogenes kolonizasyonunu baskılamaktadır. Deri oklüzyon gibi koşullare maruz kaldığında pH tekrar yükselmekte ve o zamanda Staphylococcus aureus ve Streptoccoccus pyogenes artmaktadır. pH dışında deri nemi mikroflorayı belirlemekte.

Benzer özelliklere sahip vücut alanlarında flora nerede ise aynıdır. Örneğin koltuk altı, popliteal alan ya da dirsek ön kısmı aynı floraya sahiptir. Sebore alanları olan alın, kulak arkası ve sırtta Propionibacterium, Staphylococcus ve Corynebacterium kolonizasyonu daha belirgindir. Ancak ne fazla koltuk altında yoğundurlar.

Deride gram-negatif mikroorganizmalar sıklıkla sindirim sisteminden kontaminasyon ile oluşmaktadır (β-Proteobacteria ve Flavobacterialler gibi). Bunlar daha çok vücudun kuru alanlarında kol ve bacaklarda görülmektedir.

Doğumda steril olan deri yüzeyi ilk dış teması ile bozulmakta bir çok mikroorganizma deri yüzeyinde habitat alanında kendi aralarında ilişki içerisinde yaşamaktadır. Bunların hastalık oluşturmasalar bile bazı cilt hastalıklarında klinik alevlenmeye neden olabildiklerini biliyoruz (atopik dermatitis, psoriaisis, rosecea gibi).

Deri yüzeyinin açık hava akımına maruz kalması ve vücut yüzeyinde sürekli hava akışı havayla taşınan mikropların ve mikrop içeren partiküllerin kendilerini cilde yerleştirmesini önler. Bu ortamda deri daha kurudur; bu nedenle deriye doğrudan temas yoluyla ulaşan mikropların bu çöl ortamında ömürleri büyük ölçüde sınırlanır. Bu arada deri yüzeyinde ölü keratinize hücreler ve yağlar hava akımı ile deriden uzaklaşmakta, bu da derinin daha da kurumasına hatta pH'ın düşmesine neden olmaktadır. Bu faktörler açık deri yüzeyinde mikroorganizmaların çoğalmasını engellemektedir.

Patojen bakteriler ve virüsler deriyi penetre ettiklerinde deride immün sistem ile karşılaşmaktadır. İlk karşılaştıkları hücre grubu dendritik deri hücreleridir (bunlar Langerhans hücresi (LC) ve dermal dendritic hücresi (DDC)dir). Bunlar antijen sunan hücrelerdir ve sitokin ve kemokinler salgılamaktadır. Bu hücreler eosinofil, makrofaj ve “natural killer” hücrelerini içermektedir. Dendritik hücreler T lenfositlerde zengin bölge lenf nodlarına göç etmekte. Burada antijenlere spesifik T lenfosit yapılmakta ve bunlar çoğalmakta. Bunlar daha sonra uyarının olduğu deri bölgesine gelmekte. T helper lenfositler bu alanda sitokinleri salgılamakta bunlarda eosinofil, maktofaj ve “natural killer” hücreleri aktive etmekte. Bu sırada B lenfositler de aktive olmakta ve antikorlar yaparak antijenleri nötralize etmeye çalışmakta. Bu arada T hücreleri ile temas eden dendritik hücreler apopitozis ile ölmektedir. Bu süreç derinin immün sistemde savunma basamağını oluşturmaktadır.

Deride pH seviyesini düzenleyen mekanizmalar bu savunmaya yardımcı olmaktadır (deri hücreleri tarafından yapılan “Antimicrobial peptides (AMP), proteases, lysozymes, cytokines, ve chemokines” gibi). pH dengesi deri yüzeyinde mikroorganizmaların aktivitesini dengelemektedir. Örneğin AMP ler deri yüzeyinde Gram-pozitif bakteriler(Propionibacterium acnes gibi) çoğaldığında salınımı artmaktadır. 

Deri yüzeyinde patojen olmayan bakteriler aslında patojen bakteriler ile de mücadele etmektedir. İlk olarak deride patojen olmayan bakterilerin çoğalmaları ve deri yüzeyini işgalleri patojenlerin çoğalmasını bloke etmekte. İkinci olarak patojen olmayan bakterilerin AMP, FFA ve fenolde eriyebilen modulinler(PSMs) salgılayarak patojenlerin çoğalmasını bloke ettikleri bilinmektedir. Örneğin gram-pozitif patojen olmayan “Lactococcus, Streptococcus ve Staphylococcus” AMPs yapmaktadır.  “Staphylococcus epidermidis” PSM yapmakta bunlarda “Staphylococcus aureus, group A Streptococcus ve Escherichia coli” çoğalmasını engellemektedir.

Sebaceous glands tarafından yapılan sebum içeriğindeki trigliserid patojen olmayan bakterilerden Propionibacterium acnes ve Staphylococcus epidermidis tarafından serbest yağ asitlerine (FFA) hidrolize olmaktadır. FFA lar patojen bakterilerin çoğalmasını engellemektedir. Koltuk altı bakteri mikro florasında genetik, çevresel , beslenme ve diğer faktörler rol oynamaktadır.